Do bardziej inwazyjnych badań prenatalnych zalicza się kordocenteza, metoda która polega na pobraniu krwi pępowinowej. Przebieg badania obejmuje stałą kontrolę USG, podczas której lekarz wykonuje nakłucie pępowiny przez brzuch kobiety ciężarnej. Zawarte w krwi białe krwinki zostają poddane cytogenetycznemu badaniu, które opiera się na ocenie wyglądu oraz liczby chromosomów. Warto podkreślić, że krew pępowinowa pozwala na wykonanie jeszcze innych badań, które warto przeprowadzić na tym etapie.
Należą do nich podstawowa ocena grupy krwi, analiza morfologiczna, czy równowaga kwasowo-zasadowa. Diagnostyka ta pozwala na zwrócenie uwagi, czy dziecko rozwija się prawidłowo, czy nie ma jakiś niedoborów, a nawet wrodzonych infekcji. Co więcej ewentualne nieprawidłowości można współcześnie wyleczyć, jeszcze w życiu płodowym. Niemniej jednak ze względu na duże ryzyko wystąpienia powikłań metoda ta nie jest popularnie stosowana w profilaktyce.
Jednak przy dużym prawdopodobieństwie dziedziczenia choroby genetycznej daje dużą skuteczność.